El relieve que da forma al término es accidentado, con cotas superiores a los mil metros, colinas encrespadas y valles estrechos de fondo plano. Sin embargo, más de dos tercios del total son tierras llanas, hallándose el tercio restante el Monte Laturce, de 32 hectáreas.

Clavijo se encuentra en un terreno quebrado, rodeado de montañas y con bosques de encinas y robles. También crecen las acacias y los árboles plataneros.

 Entre las especies de plantas que podemos encontrarnos por sus caminos se encuentra el espliego, una planta aromática de cuyas flores azules en forma de espiga se extrae un aceite esencial de mucha aplicación en perfumería, y que crece en terrenos calizos con humedad mediana. También podemos encontrar plantas de té en la roca del castillo, entre otros lugares; tomillo, que es propio de terrenos secos y crece junto a los espliegos y lavandas, también muy aromático, algo de romero, y sobre todo boj; zarzamora, por varios lugares, que se puede utilizar para dulce.

Las Peñas de Iregua, Leza y Jubera están comprendidas en las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA). Se sitúan al sur de Logroño en los contrafuertes del Sistema Ibérico Norte, en el contacto con el Valle del Ebro. Incluye parte de los ríos Iregua, Leza y Jubera.

En cuanto a las aves, la zona destaca como hábitat de nidificación de rapaces rupícolas, entre las que podemos encontrar el buitre leonado, con 105 parejas, buitre común, águila real, quebrantahuesos y búho, entre otras especies. Muy cerca de Clavijo, se encuentra la buitrera de Nalda, digna de ver aunque sea con prismáticos.